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Internationale Studie in „Nature Communications“ veröffentlicht

(Nr.98/2024) Forschende der Universität Bielefeld haben gemeinsam mit Kolleg*innen der Hunan University in China eine neue Methode zur metagenomischen Analyse entwickelt. Das Verfahren, genannt „HyLight“, ermöglicht die präzise Assemblierung von mikrobiellen Gemeinschaften auf Stammebene, selbst bei begrenzter Sequenzierungsabdeckung. Die Ergebnisse der Forschungsgruppe werden in der Fachzeitschrift „Nature Communications“ veröffentlicht.

Die Rekonstruktion mikrobieller Gemeinschaften auf Stammebene ist für die moderne Mikrobiologie besonders herausfordernd. Unterschiedliche Stämme derselben Art können stark variierende Eigenschaften aufweisen, die etwa für Medikamentenresistenzen oder virulente Wechselwir-kungen relevant sind. Bestehende Technologien, wie die Next-Generation-Sequenzierung (NGS) und Third-Generation-Sequenzierung (TGS), liefern entweder zu kurze oder zu fehleranfällige Lesedaten, um diese Komplexität adäquat zu erfassen. HyLight kombiniert die Stärken beider Technologien und bietet eine Lösung für diese zentralen Herausforderungen.

Alexander Schönhuth, Professor für Genome Data Science (Genom-Datenwissenschaft) an der Technischen Fakultät der Universität Bielefeld und Letztautor der Studie, erklärt: „Mit HyLight zeigen wir, dass eine präzise, stammaufgelöste Assemblierung von Metagenomen möglich ist, ohne die hohen Kosten und Fehlerquoten, die bisherige Technologien erfordern.“

Kostengünstige und genaue Methode

HyLight erreicht seine Ergebnisse durch den Einsatz eines sogenannten „strain-resolved overlap graph“ (OG), der die Stärken von NGS- und TGS-Daten kombiniert. Im Vergleich zu bestehenden Methoden liefert HyLight um 19,05 Prozent genauere Assemblierungen, während die Kosten durch die Verwendung von Daten mit geringer Abdeckung deutlich reduziert werden konnten. Dies ermöglicht es auch kleineren Laboren weltweit, von dieser Technologie zu profitieren.

„Unser Ziel war unter anderem, eine Methode zu entwickeln, die sowohl von hochbudgetierten als auch von kleineren Laboren eingesetzt werden kann, ohne Abstriche bei der Qualität der Assemblierung machen zu müssen“, erklärt Erstautor Xiongbin Kang, der sich mit diesem Thema ausführlich in seiner Dissertation beschäftigt und erst kürzlich an der Universität Bielefeld promoviert wurde.

Zukunftsaussichten für die Forschung

Die neuen Möglichkeiten, die HyLight bietet, könnten die Erforschung mikrobieller Gemeinschaf-ten revolutionieren. Die stammgenaue Auflösung ist besonders in der medizinischen Forschung von Bedeutung, da sich Mikrobenstämme je nach genetischer Zusammensetzung unterschiedlich auf den menschlichen Körper auswirken können. Auch in der Umweltforschung könnte HyLight neue Einblicke in die Dynamik von mikrobiellen Ökosystemen liefern.

Die HyLight-Entwicklung steht in engem Zusammenhang mit dem von der EU geförderten Promotionsnetzwerk Alpaca und dem ebenfalls von der EU geförderten Verbundprojekt Pangaia, die sich beide mit mikrobiellen Gemeinschaften und deren Genomassemblierung beschäftigen. Ins-besondere das Centrum für Biotechnologie (CeBiTec) der Universität Bielefeld spielt hierbei eine zentrale Rolle. Die neuen Ergebnisse könnten die Möglichkeiten zur Analyse mikrobieller Stämme, insbesondere in ökologischen und medizinischen Kontexten, erheblich erweitern.

Originalveröffentlichung:
Xiongbin Kang, Wenhai Zhang, Yichen Li, Xiao Luo, Alexander Schönhuth: HyLight: Strain aware assembly of low coverage metagenomes. Nature Communications.

https://doi.org/10.1038/s41467-024-52907-0, veröffentlicht am 07. Oktober 2024.

Weitere Informationen:
Die Arbeitsgruppe Genome Date Science
Das Promotionsnetzwerks Alpaca
Das Verbundprojekt Pangaia

Kontakt:
Prof. Dr. Alexander Schönhuth, Universität Bielefeld
Technische Fakultät
Telefon 0521 106-3793 (Sekretariat)
E-Mail: aschoen@cebitec.uni-bielefeld.de

Das Bildmaterial ist hier abrufbar.