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Neuer Rechnercluster des Centrums für Biotechnologie im Hochschulrechenzentrum installiert (Nr. 15/2005)
Das Centrum für Biotechnologie (CeBiTec) der Universität Bielefeld hat seit seiner Gründung 1998 einen rasanten Aufschwung genommen. Insbesondere war das Gebiet Bioinformatik/Genomforschung mit der Einwerbung vieler Großforschungsprojekte erfolgreich. So konnte zum Beispiel das vom Bundes-ministerium für Bildung und Forschung (BMBF) finanzierte Kompetenznetzwerk "Genomforschung an Bakterien für den Umweltschutz, die Landwirtschaft und die Biotechnologie" am CeBiTec angesiedelt werden. In diesem Kompetenznetzwerk kooperieren landesweit 26 Forschungsgruppen aus Universitäten, Forschungseinrichtungen und Industrieunternehmen. Das Kompetenznetzwerk hat in der Vergangenheit die Genomsequenz von fünf ausgesuchten Bakterienstämmen bestimmt und ist nun dabei, für diese Stämme Werkzeuge für eine Transkriptomanalyse zu entwickeln.
Alle diese Aktivitäten benötigen viel Speicherplatz und umfangreiche Rechnerkapazität. Das BMBF hat deshalb für die zweite Phase des Kompetenznetzwerks Investitionsmittel in Höhe von 500 000 Euro zur Beschaffung eines neuen Rechnerclusters zur Verfügung gestellt. Zu den Mitteln des BMBF kommen noch umfangreiche Gelder des EU-Exzellenz-Netzwerks "Marine Genomics Europe", das sich die Analyse genomischer und postgenomischer Daten aus marinen Biosystemen mit mehreren Gruppen aus ganz Europa vorgenommen hat. Der neue im Zentralen Rechnerraum des Hochschulrechenzentrums der Universität Bielefeld installierte Rechnercluster kann nun für die umfangreichen Analysen des Netzwerks eingesetzt werden. Dabei ist von Interesse, dass die auswärtigen Kooperationspartner des Forschungsverbundes direkt über das Netz auf die an der Universität Bielefeld gespeicherten Genomdaten zugreifen und diese für ihre Analysen nutzen können.
Das BMBF hat darüber hinaus die Universität Bielefeld zum Bioinformatik-Zentrum für bakterielle Genomforschung in Deutschland ausgewählt. Dies bedeutet, dass neben dem von Bielefeld aus koordinierten Kompetenznetzwerk noch zwei weitere bakterielle Genomforschungsnetzwerke, die von Göttingen und Würzburg aus koordiniert werden, auf den Bielefelder Rechnercluster zugreifen können. Diese Entwicklung zeigt, dass das CeBiTec der Universität Bielefeld in der Zwischenzeit zu einem der bundesweiten bakteriellen Genomforschungszentren geworden ist. Die Anerkennung Bielefelds als Bioinformatik-Standort wird auch aus der führenden Rolle als Koordinator aller Bioinformatik-Aktivitäten im erwähnten Großprojekt "Marine Genomics Europe" deutlich. Diese Entwicklung bedeutet aber auch, dass das CeBiTec mittelfristig vor allem auf dem Bioinformatiksektor weiter ausgebaut werden muss.
Der Cluster besteht aus Sun v20z-Systemen mit insgesamt 256 AMD Opteron-Prozessoren unter dem Betriebsystem Sun Solaris 10. Die Systeme haben jeweils 2 CPUs und bis zu 16 GB Hauptspeicher pro System. Durch die schnelle Anbindung aller Systeme (Gigabit Ethernet) an das Netz des CeBiTec ermöglicht dieser Cluster die detaillierte Analyse eines bakteriellen Genoms innerhalb eines Tages. Für die Anwender stehen auf dem Cluster aktuell mehr als 200 Programme für bioinformatische Analysen zur Verfügung. Durch die neuen Systeme wird die Gesamtzahl für die Genomanalyse verfügbarer Prozessoren auf mehr als 500 erweitert.
Das Bielefelder Hochschulrechenzentrum sorgt als zentraler IT-Dienstleister der Universität für die infrastrukturellen Rahmenbedingungen zum Betrieb des Rechnerclusters. Hierzu gehört die Bereitstellung des Datennetzes, der Hochgeschwindigkeitszugang zum Internet und die Unterbringung in einem nach modernsten Gesichtspunkten ausgestatteten Maschinenraum. Um den weiteren Ausbau des CeBiTec und weiterer wissenschaftlicher Arbeitsgruppen der Universität mit hochwertiger Informatikausrüstung zu unterstützen, wurde in den letzten Monaten die bauliche und technische Infrastruktur des Maschinensaals von Grund auf erneuert. Die Universität Bielefeld verfügt damit über einen der modernsten Räume dieser Art an deutschen Hochschulen.